该中心是自治区环保局派出的执法监督机构，主要承担以下职责：监督地方对国家和自治区环境政策、法规、标准执行情况；承办重大环境污染与生态破坏案件的查办工作；承办跨盟市区域和流域重大环境纠纷的协调处理工作；参与重大、特大突发环境事件应急响应与处理的督查工作；承办或者参与环境执法稽查工作；督查重点污染源和自治区审批建设项目同时设计、同时施工、同时投入使用的执行情况；督查区域内自然保护区、重要生态功能保护区环境执法情况；负责跨盟市区域和流域环境污染与生态破坏案件的来访投诉受理和协调工作；核查所属区域主要污染物减排情况；承担自治区环保局交办的其他工作。

    自治区环保局有关负责人表示，我区几大主要水系，如嫩江、松花江、额尔古纳河、西辽河都在东部，内蒙古东部环境保护督查中心的成立对于开创区域污染联防联治新局面将起到重要作用。