根据协议内蒙古自治区科技厅和上海市科委将继续本着“优势互补、互惠互利、联动发展、共同繁荣”的原则，坚持以市场为导向，根据两地经济、社会、科技发展的需要，结合双方的科技优势、人才优势、地域优势和资源优势，在环境保护和生态建设技术研究、稀土资源开发和应用、农畜产品深加工、新药开发和中试、动植物新品种培育和生产、生物技术和信息技术合作、新能源开发与利用以及实施科技人才西引工程的实施等重点领域进一步开展科技合作与交流。

　　同时，上海市科委在“十五”支持内蒙古开展科技管理培训的基础上，将继续采取多种形式帮助内蒙古培训专业技术人员和科技管理人员，促进智力交流；双方将依托上海研发公共服务平台，加强内蒙古与上海的科技信息资源共享；充分利用各种手段，开展科普宣传和科技传播的交流，提高两地群众的科技意识。为保证合作的顺利实施，双方对经过专家评审的两地重大合作项目，优先列入上海市科委国内科技合作计划和内蒙古自治区科技厅科技发展计划予以支持。

　　上海市与内蒙古自治区科技合作有着传统的良好合作基础。2000年，上海市党政代表团访问内蒙，上海市科委与内蒙古自治区科技厅签署了《上海与内蒙古全面科技合作协议》。近年来，双方共同构建科技服务平台，以项目为纽带推动两地高新技术成果应用，以应用为导向的合作为企业发展创造了广阔天地，人才交流和科技培训也成为沪蒙合作的重要渠道。自2000年以来，上海与内蒙古科技合作项目达100项，征集数量居西部各省前列，立项项目总投入50942.7万元。

　　如由华东师大生命科学院与内蒙古宇航人高技术产业有限责任公司承担的《沙棘中次生代谢物及副产品的深度利用》项目是内蒙古自治区科技厅重点支持项目，已经完成了从沙棘提油轧汁后的籽渣和果渣中提取活性多糖和黄酮类化合物的现代生产工艺研究。预计完全投产后可年处理15000吨沙棘果。同时企业在内蒙古和林县红河流域建设10万亩沙棘良种基地，为实现防风固沙和可持续利用、帮助当地农牧民脱贫致富和改善种植区生态环境创造了有利条件。

　　2001年由东华大学与海拉尔市建设镇阳光小区海兰科技试验农场合作承担的《秸杆基质草皮工厂化生产生态工程》项目，将秸秆基质草皮技术应用于西部沙化土地治理进行研究开发，已在呼伦贝尔地区实施三年，前期试验效果明显，为降低沙地治理成本、遏制沙化地蔓延提供了技术基础。

　　2002年由复旦大学与内蒙古西高新技术集团有限公司合作承担的《高龄土制无粘结剂（中试）》项目，利用开采煤矿时剥离的“废料”——煤系高岭土制成无粘结剂A型沸石吸附剂，不仅有利于资源的综合利用，而且对中、西部地区相关工业技术水平的提高有重要意义。

　　2003年由上海肿瘤医院与内蒙古阿泰医疗器械有限公司合作承担的《胃肠道螺旋CT三维成像及仿真内镜对比剂研制》项目，研制出了新型胃肠道对比剂，不仅能产生良好的胃肠道对比效果，还可以一次扫描帮助完成螺旋CT、MRI轴位，三维及仿真内镜成像。目前，该项目产品取得了发明专利，经国家药监局受理，完成了产品注册及生产企业生产许可证变更及验收，项目产品填补了国内外该技术领域的空白，已计划出口俄罗斯。

　　此外，上海的企业和中介机构在沪蒙科技合作中发挥着日益重要的作用。上海太阳能科技有限公司在与内蒙的合作中得到了发展，2001年内蒙古政府实施“光明工程”送电到户，公司竞标取得了38W系列太阳能电池组件的供货合同，合同总价约1000万元，产品得到内蒙古各盟、旗牧民的欢迎，同时，“光明工程”的实施为太阳能公司打开内蒙古市场奠定了良好的基础。2002年国家发改委实施“送电到乡”工程，上海太阳能公司又取得了近1000万的供货合同。2007年内蒙古实施绿色环保和建设新农村的新能源示范项目，上海太阳能公司在锡林浩特的示范项目中提供了300万元的太阳能电池组件，为内蒙古60周年的大庆增添了光彩。

　　2000年，内蒙古金宇集团与上海复旦大学、复华实业公司、上海农业科学院与联合开展《猪O型口蹄疫基因工程疫苗的产业化》、复旦大学与内蒙古创业集团的《建立“复旦—创业蒙药研究开发中心》，2006年，复旦大学与内蒙古复旦蒙耀生物技术有限责任公司搭建了“内蒙古中蒙药制剂工程技术研究中心平台”，对内蒙古特色药用植物进行指纹图谱研究及质量标准化研究；研究现代化的制剂工艺、技术在蒙药新药开发中的应用；建设中蒙药中试基地；建设信息网络中心。